Un an après son ordination, Fra Pio manifeste des signes, son cœur est transpercé spirituellement par un trait enflammé, avec un saignement réel qui fait référence à une transverbération – du latin transverberare et qui signifie traverser de part en part.

Des premières stigmates apparaissent sur son corps, ses mains sont percées ainsi que ses pieds, il perd du sang au ventre, tout comme les plaies de Jésus Christ. A cette époque-là, il est souvent malade, il reçoit des visites célestes d’âmes qui viennent vers lui et il vit des extases.
Puis les stigmates du Christ apparaîtront en 1918 chaque jour, ses mains sont percées ainsi que ses pieds et son ventre, c’est réellement les stigmates du Christ. Il essaie en vain de les cacher sous ses mitaines.
L’Eglise enverra trois médecins pour constater. Padre Pio est surnommé rapidement, le « Saint miraculeux Giovani Rotondo.

En 1919, la presse en parle beaucoup, déforme les propos, la foule vient voir au couvent de San Giovanni Rotondo rencontrer le padre Pio ; L’Eglise Romaine est assez préoccupée, méfiante à son égard et voit tous ces débordements d’un mauvais œil. Les stigmates qu’il reçoit déplaise à l’église et souhaite qu’entre 1931 et 1933, le padre Pio arrête ses ministères sauf celui de la messe qu’il devra célébrer seul retiré dans une chapelle du couvent.
En 1933, il retrouve le droit de pouvoir confesser et de célébrer la messe publiquement. Beaucoup viennent se confesser et assister aux offices. Il y a tellement de monde, que la foule ne peut entrer dans l’église du couvent. Le 5 juin 1954 sera célébrée une messe en plein air sur la place de l’église !
Un groupe de prière se forme autour de lui, des adeptes à sa vie spirituelle souhaitent le suivre. Padre Pio écoute avec compassion les demandes de chacun. Il prie beaucoup.
Padre Pio met en place des œuvres sociales, une maison hôpital pour soulager la souffrance est construite.
Padre Pio y célébrera la messe d’inauguration en présence de 15000 personnes. Le 2 juillet 1956, des travaux commenceront pour construire une église capable de recevoir les foules ! Un centre de formation professionnelle, des écoles et des crèches sont ouvertes et le 1er juillet 1959, l’église prendra le nom de « Sainte Marie des Grâces ».
Le Padre Pio aura une vie très remplie, une santé difficile, il marche avec difficulté, il utilisera très souvent à la fin de sa vie, une chaise roulante. Il aura l’autorisation de célébrer la messe assis.
Le 10 août 1960, padre Pio célébre ses 50 ans de sacerdoce, une vie pieuse entourée de nombreux croyants et d’ecclésiastiques qui viendront le rencontrer et se confesser. Il pouvait confesser jusqu’à 19 personnes par jour !.
Il célébrera sa dernière messe le 22 septembre 1960, il bénira la foule qui est venue prier.
Le 23 septembre 1968 après s’être confessé et avoir reçu les derniers sacrements, il sera rappelé à Dieu.
50 ans de vie sacerdotale et à recevoir des stigmates !
Son corps sera exposé et prié pendant 4 jours, des croyants viennent de partout viendront lui rendre un dernier hommage. 100000 fidèles viendront à ses obsèques.
Le 20 mars 1983, le processus diocésain est lancé en vue de la canonisation du Serviteur de Dieu. 73 témoignages de guérisons seront réunis. Le 21 janvier 1990, Padre Pio est proclamé Vénérable par le pape Jean Paul II. Le 2 mai 1999, Padre Pio est déclaré Bienheureux par le pape Jean Paul II. Puis le 16 juin 2002, le pape Jean Paul II proclamera Saint Padre Pio. Dans le calendrier liturgique, le 23 septembre, est fêté la mémoire de la « naissance dans le ciel » de Padre Pio.
Sa tombe à Saint Pio da Pietrelcina est aujourd’hui devenue un lieu de pèlerinage important, de nombreuses personnes prient Padre Pio dans leur quotidien et des publications voient encore le jour.